Thế giới Xanh, biểu tượng của lý trí, liên tục bị tấn công bởi những sinh vật mang tên Nightfly O'Note đến từ Thế giới Đỏ, biểu tượng của bản năng. Akira Asagi, nữ chính 17 tuổi là nhà nghiên cứu tại Thế giới Xanh, được đề cử lãnh đạo cuộc chiến tại Ryuukyuu LAG, cơ sở phòng thủ đáng tự hào trên các đảo Ishigaki và Iriomote. Cô gặp đơn vị chiến đấu thứ sáu "IS", được thành lập bốn năm sau trận chiến khốc liệt đã xóa sổ đơn vị thứ năm. Akari phải dẫn dắt sáu kỵ sĩ này, còn được gọi là Scared Rider Xechs, chiến đấu chống lại thế giới bên kia, đồng thời thắt chặt mối quan hệ giữa họ.